ご回答有難う御座います。
失礼いたしました。
OSはUbuntu20.04です。

リポジトリはzabbix公式の以下です。

root@server:/etc/apt/sources.list.d# ls -l
-rw-r--r-- 1 root root 2694 4月 28 2020 zabbix-release_3.0-1+trusty_all.deb
-rw-r--r-- 1 root root 118 12月 31 2016 zabbix.list

ただ4.0も以下の様に追加されていました。

#インストールできるzabbix-agentのバージョン確認
root@server:/etc/apt/sources.list.d# apt-cache showpkg zabbix-agent
Package: zabbix-agent
Versions:
1:4.0.17+dfsg-1 (/var/lib/apt/lists/archive.ubuntu.com_ubuntu_dists_focal_universe_binary-amd64_Packages)
Description Language:
File: /var/lib/apt/lists/archive.ubuntu.com_ubuntu_dists_focal_universe_binary-amd64_Packages
MD5: eac02cc4af79b30caae8c4f8fb05e53b
Description Language: en
File: /var/lib/apt/lists/archive.ubuntu.com_ubuntu_dists_focal_universe_i18n_Translation-en
MD5: eac02cc4af79b30caae8c4f8fb05e53b

1:3.0.31-1+bionic (/var/lib/apt/lists/repo.zabbix.com_zabbix_3.0_ubuntu_dists_bionic_main_binary-amd64_Packages) (/var/lib/dpkg/status)
Description Language:
File: /var/lib/apt/lists/repo.zabbix.com_zabbix_3.0_ubuntu_dists_bionic_main_binary-amd64_Packages
MD5: 484af76ad2e4059dcadcdaed926aa32d

バージョン4.0.17はもしかしたらデフォルトでインストールされているものかもしれませんが、
これをアンインストール、もしくはインストールされないようにする方法はありますでしょうか。