鈴木です。

Zabbixサーバと別セグメント上に設置してあるノードとの間のファイアウォールで、
サーバ側からの10050ポートを許可、
ノード側からの10051ポートを不許可、
にしたところ、
サーバでのデータ取得は問題なくできているのですが、
ノード側からの10051ポート上のパケットが大量に落とされております。

監視データではないようなので、
サーバに対するヘルスチェックか何かだと思うのですが、
zabbix_agentdはそのような通信を発しているのでしょうか。

ノード側からのサーバへの10051ポートアクセスは主に2つの用途で使用されます。
(1.) アクティブチェックで監視する項目の要求
(2.) アクティブチェックやZabbix Senderで送信された情報の送信

要は、アクティブチェック型の監視をするには、ノード側からのサーバへの10051ポートアクセスが必須となるということです。
アイテムの設定にあるタイプの設定で「Zabbix エージェント（アクティブ）」を選ぶと、アクティブチェック型の監視になります。
このアクティブチェック型は、主にログ監視やイベントログ監視で使用されます。（ログは、アクティブチェック型でなければ監視できないので）

そのため、ログ監視をしたいならば、ノード側からのサーバへの10051ポートアクセスは必須です。
基本的にブロックすることはおすすめしません。

その他には、プロキシを使用するようなときにも、データ送信にサーバへの10051ポートアクセスが使用されます。