残したいデータ以外を delete する
＞＞ delete from 「テーブル」 where clock < xxxx;
そのうえで、テーブルを最適化
＞＞ alter table 「テーブル」
というのも厳しいですか‥？これが空き容量的・時間的理由で厳しいとなると、
難しそうです‥。

mysql のデータ圧縮機能を用いるというのはいかがでしょうか
my.cnf に
＞innodb_file_per_table
＞innodb_file_format=Barracuda
の設定が入っていれば、
＞＞alter table 「テーブル」 ROW_FORMAT=Compressed;
とすることで、DBファイル内のデータを圧縮できるようになるので、
テーブルファイルサイズは小さくなるのですが‥

空き容量的に厳しいならば、小さめのテーブルから順次、以下の手順で縮めていって
空き容量を確保していくことで、徐々に大きなテーブルを対象に作業すれば‥
なんとかなったりしないでしょうか？

小さめのテーブルについては、一気に
＞＞alter table 「テーブル」 ROW_FORMAT=Compressed;
で良いと思いますし

大きめのテーブル (history 系)で、容量を見つつ、保存したい範囲を決めるならば

１．desc xxx や show create table xxx、もしくは、source パッケージ内の schema.sql で
　　スキーマを確認したうえで、同じスキーマ内容で別名の移行用テーブルを作って。。
CREATE TABLE `xx_history_str` (
`itemid` bigint unsigned NOT NULL,
`clock` integer DEFAULT '0' NOT NULL,
`value` varchar(255) DEFAULT '' NOT NULL,
`ns` integer DEFAULT '0' NOT NULL
) ENGINE=InnoDB;

２．データが空のうちに移行用テーブルには圧縮を指定しておいて‥
alter table xx_history_str ROW_FORMAT=Compressed;

３．select - insert で、単位期間レベルでデータをコピー。
　　最新から順次１週間ぶんずつ‥などで処理‥
＞＞INSERT INTO xx_history_str (SELECT * from history_str where clock between 「開始時刻」 and 「終了時刻」);

４．納得いく容量までデータが移行できた時点で、オリジナルテーブルをTRUNCATE
＞＞TRUNCATE TABLE history_str

５．データが空のうちに本テーブルにも圧縮を指定しておいて‥
alter table xx_history_str ROW_FORMAT=Compressed;

６．select - insert で、全データをコピーで戻す。
＞＞INSERT INTO history_str (SELECT * from xx_history_str);