１：この設定はパッシブチェックとアクティブチェックとはどう関係するのですか？

zabbix_server.confに設定するのは、zabbix_serverプロセスが
Zabbixエージェントやzabbix_senderからの情報を受け取るために
使用するIPアドレスを設定します。

Zabbixサーバーを稼働しているサーバー機にネットワークインター
フェースが複数あって、それぞれのネットワークインターフェース
から情報を受け取る必要があるのであれば、デフォルトの0.0.0.0
を利用してすべてのネットワークインターフェースからの接続を受
けられるようにします。

それに対して、zabbix_agentd.confに設定するのは、zabbix_agentd
プロセスが、Zabbixサーバーからの値取得要求を受け取るために使
用するIPアドレスを指定します。

特定のネットワークインターフェースでのみZabbixサーバーからの
要求を受け付けるようにするのであれば、そのネットワークインタ
ーフェースのIPアドレスを指定してください。

アイテムのタイプの「Zabbixエージェント」「Zabbixエージェント
(アクティブ)」との関係で言えば以下のようになります。

「Zabbixエージェント」のアイテムの値は、Zabbixサーバー側から
Zabbixエージェントに接続してZabbixサーバー側からの値取得要求
が送られてきて、その応答としてアイテムの値を返却します。
zabbix_agentd.confに設定するのは、ZabbixエージェントがZabbix
サーバー側からの接続を受け付けるための口を用意するためのもの
です。

「Zabbixエージェント(アクティブ)」のアイテムの値は、Zabbixエ
ージェント側からZabbixサーバーに接続して、Zabbixエージェント
からZabbixサーバーにアイテムの値が送られます。
その際に、ZabbixサーバーがZabbixエージェントからの接続を受け
付けるための口を用意するためのものです。

２：この設定は server.conf, agentd.conf の両方にありますが、サーバー側で設定したら、エージェント側は入らないのでは？

何が入らないのかわかりません。
必要ないのではないかということでしょうか？

プロセスが分かれていますし、役割が違うので特定のネットワーク
インターフェースからのみ、その役割を機能させたいのであれば、
設定が必要となります。

監視対象には、Zabbixエージェントしかインストールしませんので、
zabbix_agentd.confに必要に応じて設定します。

Zabbixサーバーを稼働させるサーバー機のみ、Zabbixサーバー上の
OSの状態も把握するためにZabbixエージェントも起動して利用する
ことがあるので、zabbix_agentd.confとzabbix_server.confの両方
があるわけですが、例えば、

　・Zabbixエージェントは外部から接続させたくない
　・Zabbixサーバーは複数のインターフェースから接続される

というような時に、

　・zabbix_agentd.confのListenIPに「127.0.0.1」
　・zabbix_server.confのListenIPを指定しない

というような設定で実現することもできるわけです。

３：現在私はサーバー側 デフォルト、エージェント側（複数）自身のIP と言う設定で、アクティブチェックを有効にしていますが，これでいいのですか？

やりたいことが実現できているのであれば問題ありません。

アクティブチェックを有効と書かれているのが、具体的に何を指し
ているのかわかりませんが、上記の意味の違いをご理解頂き、目的
なども考慮して設定して頂ければと思います。