http://www.zabbix.com/forum/showthread.php?p=59973
にも同様のエラーが報告されていますが、ここでも知っている方がいらっしゃいましたらお聞きしたいと思います。

環境:
zabbix 1.8.1(sourceforge版ソース)
Asianux3 SP2 32bit
apache 2.2.14
mysql 5.0.90(linuxバイナリ版)
php 5.3.1

現象としてはサーバは落ちておらず、値も取得できているのですが、zabbix_server.logに下記のようなエラーを延々と吐き続けるというものです。

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9887:20100225:192436.649 [Z3005] Query failed: [2006] MySQL server has gone away [begin;]
9887:20100225:192436.649 [Z3005] Query failed: [2006] MySQL server has gone away [update hosts set available=1,errors_
from=0,disable_until=0,error='' where hostid=10050]
9886:20100225:195554.901 [Z3005] Query failed: [2006] MySQL server has gone away [select hostid,proxy_hostid,host,useip,ip,dns,port,status,useipmi,ipmi_ip,ipmi_port,ipmi_authtype,ipmi_privilege,ipmi_username,ipmi_password,maintenance_status,maintenance_type,maintenance_from,errors_from,available,disable_until,snmp_errors_from,snmp_available,snmp_disable_until,ipmi_errors_from,ipmi_available,ipmi_disable_until from hosts where status in (0) and hostid between 000000000000000 and 099999999999999 order by hostid]
9886:20100225:195554.901 Database is down. Retrying in 10 seconds
9894:20100225:195608.864 [Z3005] Query failed: [2006] MySQL server has gone away [select hostid from hosts where host='**********' and proxy_hostid=0 and hostid between 000000000000000 and 099999999999999]
9894:20100225:195608.864 Database is down. Retrying in 10 seconds
9904:20100225:195634.682 [Z3005] Query failed: [2006] MySQL server has gone away [select druleid,iprange,name,unique_dcheckid from drules where proxy_hostid=0 and status=0 and (nextcheck<=1267095394 or nextcheck>1267095394+delay) and mod(druleid,1)=0 and druleid between 000000000000000 and 099999999999999]
9904:20100225:195634.682 Database is down. Retrying in 10 seconds
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最初は他にあった
「DBサーバの設定が失敗している」
「DBが壊れている」
を疑ったのですが、zabbix_server.confの設定は問題ないし、設定しているユーザでクエリを実行すると無事selectできたりします。
updateは流石に怖いのでやっていません。
CHECK TABLEも問題なしでした。

mysqlのバイナリ版を使用しているのがいけないかなと思い、ライブラリのパスを/etc/ld.so.confに組み込んでみたものの、それもだめでした。

個人的にはコンパイル時の設定かなと思い、configureを調べたのですが、
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--with-mysql[=ARG] use MySQL client library [default=no], optionally
specify path to mysql_config
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に何か設定してやれば良いのか解らず、苦慮しております。

もし、解決法やアドバイス等ありましたらよろしくお願いします。