残念ながら、オフィシャルのマニュアル以上にそのあたりを掘り下げた文書は
多くはないと思います
ブログ等で、掘り下げた内容を採り上げた記事を執筆されている方も時折見かけますが
あくまで、執筆者の方が確認した内容‥という状況なので‥難しいかと思います
（間違っている可能性もあるし、確認したバージョンが変わると異なる可能性もある）

「system.cpu.util」は、全体でのCPU使用状況　のうち util の部分
「proc.cpu.util」は、特定プロセスに関するCPU使用状況　のうち util の部分で、
「proc.cpu.util」は、基本的には何らかの「対象プロセス絞り込み条件（プロセス名や実行ユーザ等）」を
指定することを前提に想定されていて、条件に合致した対象プロセスの「util に関する値の合算結果」が
得られるアイテムとなります

より詳細に各アイテムキー毎の収集値や処理を比較‥となると
エージェントに関するソースコードを参照するのが確実かと思います