広瀬です。

物理CPU数、論理コア数、HT機能を有効・無効関わらず全コア数としての認識のはずです。
この辺はOSレベル、BIOSレベルで制御可能な値でもあるので、ZABBIX側仕様では無いかと。

Core i7クラスで6コア、HT機能有効であれば1CPUあたり12コア。Xeon系で物理2CPUで同等
クラスなら24コア分見えることになります。

※実際にcat /proc/cpuinfoを見るとphysical idやcore idなどのパラメータがあるので違いは区別
　 可能なはずです（ただし、仮想のゲストOS側からは判断出来ません）

ZABBIX SIAの公式ページに各アイテムキーのOS別のマトリクスは以下です（以下のリンクはVer1.8での仕様です）
https://www.zabbix.com/documentation/doku.php?id=1.8/manual/config/items...

※同ページの左側ツリーにVer2.x系列もあるので、Ver2.x系はそちらを参照のこと。
　 なお、Ver1.8.0とVer1.8.15などでは利用可能になったアイテムキーやパラメータが違いますので、全部が
　 全部使えるというわけでは無いことにご注意のほど。