具体的に何をどう見比べられたのでしょうか？

例えば、vmstatでdelayとして5分を指定して実行されましたか？
アイテムのキーでavg5を指定されているのであれば、比較する時間
の範囲を合わせて比較してください。

uptimeでは、ロードアベレージを取得することができますが、それ
とCPU使用率を比較されたのですか？
uptimeで表示されるロードアベレージは、CPU使用率とは異なりま
す。
ロードアベレージは、その時点で、同時にどれだけのプロセスの処
理を実行しようとしているかによって、サーバにどれだけの負荷が
かかっているかを示す指標です。

また、負荷テストを停止させて、使用率０％になってからzabbix側の値が0%になるまでが長いのが気になりました。
avgは1分平均がよいのか、一般的にはどうなのでしょうか？

アイテムのキーにavg5を指定して5分平均での値をご覧になられて
いるのであれば、5分間での平均ですので負荷テストが終了してCPU
使用率が0%になって5分以上経過しなければ、0%にはならないでし
ょう。

avg1にするのかavg5にするのかは、どのようにシステムの状態を把
握したいか次第です。
細かな値の変化を把握したいのか、より大きなスパンで負荷状況を
把握したいのか、ご自身の目的に合わせてご判断ください。