公式のリポジトリよりダウンロードしたrpmを使用して
CentOS 5.11+php5.3環境にてzabbix2.2.6から2.2.9へのアップデートを試みたところ、
以下のエラーが表示され、アップデートが失敗しました。

# rpm -Uvh zabbix-web-2.2.9-1.el5.x86_64.rpm zabbix-web-japanese-2.2.9-1.el5.x86_64.rpm zabbix-web-mysql-2.2.9-1.el5.x86_64.rpm
error: Failed dependencies:
php >= 5.3 is needed by zabbix-web-2.2.9-1.el5.x86_64

phpは5.3以上を要求するとのことですが、
インストールされているphpは5.3となっています。

# php -v
PHP 5.3.3 (cli) (built: Oct 31 2014 09:52:36)
Copyright (c) 1997-2010 The PHP Group
Zend Engine v2.3.0, Copyright (c) 1998-2010 Zend Technologies

# rpm -qa |grep php53
php53-bcmath-5.3.3-26.el5_11
php53-xml-5.3.3-26.el5_11
php53-pgsql-5.3.3-26.el5_11
php53-pdo-5.3.3-26.el5_11
php53-cli-5.3.3-26.el5_11
php53-mysql-5.3.3-26.el5_11
php53-gd-5.3.3-26.el5_11
php53-5.3.3-26.el5_11
php53-common-5.3.3-26.el5_11
php53-mbstring-5.3.3-26.el5_11

https://www.zabbix.com/forum/showthread.php?p=161586
上記、オフィシャルのフォーラムにも同様の例が記載されており、
--nodepsオプションをつけ依存関係を無視してインストールすることで
回避している状況です。

機能面では特に問題は起きていないためこのままでもよいのですが
どうにも腑に落ちないため原因を調査してみました。

１．rpmパッケージの依存関係を調査

2.2.9の場合

# rpm -qpR zabbix-web-2.2.9-1.el5.x86_64.rpm
/bin/bash
/bin/sh
/bin/sh
/usr/sbin/update-alternatives
/usr/sbin/update-alternatives
config(zabbix-web) = 2.2.9-1.el5
httpd
php >= 5.3
php-bcmath
php-gd
php-mbstring
php-xml
rpmlib(CompressedFileNames) <= 3.0.4-1
rpmlib(PayloadFilesHavePrefix) <= 4.0-1
zabbix-web-database = 2.2.9-1.el5

2.2.6の場合

# rpm -qpR zabbix-web-2.2.6-1.el5.x86_64.rpm
/bin/bash
/bin/sh
/bin/sh
/usr/sbin/update-alternatives
/usr/sbin/update-alternatives
config(zabbix-web) = 2.2.6-1.el5
httpd
php53
php53-bcmath
php53-gd
php53-mbstring
php53-xml
rpmlib(CompressedFileNames) <= 3.0.4-1
rpmlib(PayloadFilesHavePrefix) <= 4.0-1
zabbix-web-database = 2.2.6-1.el5

RHEL(CentOS)5.xではデフォルトのphpは5.1.xであるため
5.3.xを使う場合はphpではなくphp53を指定する必要があります。

2.2.6ではphp53系のパッケージを条件としていますが、2.2.9ではphp >= 5.3という表記に変わっています。

直近のパッケージで一通り確認しましたが、
この変化は2.2.8以降および2.4.3以降で起きています。

２．specファイルのパッケージ依存情報を確認する
2.2.6および2.2.9のsrc.rpmからzabbix.specファイルを抽出し、
zabbix-webに関する部分について比較してみましたが、
特に差異はありませんでした。

しかし、下記の記述内容を参照すると
RHEL5.xではphp53を要求し、それ以外のバージョンではphp >= 5.3を要求するように
条件分岐しているように見えます。

%package web
Summary : Zabbix Web Frontend
Group : Applications/Internet
%if 0%{?fedora} > 9 || 0%{?rhel} >= 6
BuildArch : noarch
%endif
Requires : httpd
%if 0%{?rhel} == 5
Requires : php53
Requires : php53-gd
Requires : php53-bcmath
Requires : php53-mbstring
Requires : php53-xml
%else
Requires : php >= 5.3
Requires : php-gd
Requires : php-bcmath
Requires : php-mbstring
Requires : php-xml
%endif
# DejaVu fonts doesn't exist on EL <= 5
%if 0%{?fedora} || 0%{?rhel} >= 6
Requires : dejavu-sans-fonts
%endif
Requires : zabbix-web-database = %{version}-%{release}
Requires(post) : %{_sbindir}/update-alternatives
Requires(preun) : %{_sbindir}/update-alternatives

%description web
The php frontend to display the zabbix web interface.

この記述に従うのであれば直近のrpmにおいても
php53を要求するはずなのですが、先述のとおりphp >= 5.3になってしまっています。

rpmbuildしている環境が悪いのか、
specファイルのどこか別の箇所が悪さをしているのかはわかりませんが
どうやらこのあたりが問題のような気がします。
（なお、specファイルの記述に大きく変化があったのは
　RHEL7対応前後であり、rpmコマンドによる依存関係の情報が変化したタイミングと一致します）

公式のフォーラムにて報告することも考慮しましたが、
ここ数年のspecファイルの更新者がKodai Terashimaさんとのことでしたので、
JPコミュニティのほうがレスポンスあるのではと思い、こちらにて報告させて頂きました。

皆様からご意見を頂けると幸いです。
以上、よろしくお願いします。