ご質問内容がよくわからないのですが、監視のアイテムを追加した
ら、トラフィック量として計測されるパケット数が0であったのが
数値が計測されたということでしょうか？

teratermのiftopというものはありませんので、Linux上などで以下
のURLにあるiftopコマンドを利用されたと仮定させて頂きます。
http://www.ex-parrot.com/~pdw/iftop/

恐らく、特に引数を指定されなかったのだと思われますが、epelか
ら取得して実行してみたところ、引数を特に指定しない場合、2秒
に1回程度、その2秒の間にどのくらいの通信を行ったかを、どのサ
ーバ間で通信されたかと一緒にバイト数で表示しているようです。

アイテムを追加した場合、そのアイテムの監視間隔や登録された順
序(内部での管理IDの違い)にもよりますが、それぞれのアイテムご
とに指定された間隔で値の取得処理が実行されます。
常に通信し続けるわけではありませんので、タイミングによっては
まったく通信しないタイミングもあります。
まったく通信をしないタイミングでは、0と計測されるでしょう。

通信先ごとに分けて計測されるようですので、気になる部分がある
のであれば、どのサーバとどのサーバとの間の通信がどう変化する
ことが理解できないのかを、どのようにZabbixの設定を変更したの
かと合わせてご質問ください。

最後に、Zabbixで「アプリケーション」といった場合、監視するア
イテムの分類項目のことを示します。
そうすると「アプリケーションの数を増やした」という表現では、
アイテムの種別や分類を増やしたと解釈されてしまう場合がありま
すので、具体的に何をどうしたのかが正確に伝わりません。

ご質問頂く時には、より詳細に何をどう変更して、何をどのように
して計測を行ったのか、何がどうなることが疑問であるのかを具体
的にご提示頂きますようお願いいたします。