CentOS6系に対してZabbix3.0を導入しようと考えておりましたが、
現在確認したところ「deprecated」に
zabbix-web、zabbix-web等が格納されており、
またよくよく見るとZabbixServerも見当たりません。

Zabbixサーバーのパッケージならdeprecatedディレクトリの下にあ
る、

　zabbix-server-mysql-3.0.3-1.el6.x86_64.rpm
　zabbix-server-pgsql-3.0.3-1.el6.x86_64.rpm

が、MySQL用、PostgreSQL用のZabbixサーバーのパッケージです。

Zabbix 3.0からパッケージの構成が変更されていて、zabbixや、
zabbix-serverという名前のパッケージは廃止されたようです。

ただし、Zabbix 3.0のリリース時に寺島さんがブログで書かれたり、
今年の2月のOSCで私が発表したとおり、RHEL/CentOS 6の標準のパ
ッケージでは一部機能が利用できなかったり、PHPも入れ替えが必
要であるため最初はサーバー用のパッケージがリリースされません
でした。

具体的には、Zabbix 3.0のSMTP認証の機能が利用できず、PHP 5.4
以降が必要となるため、SCLかサードパーティのPHPのパッケージを
利用するか、PHPをソースからインストールする必要があります。

OSの標準にこだわらないのであれば、ライブラリを入れ替えたり、
サードパーティーのパッケージなどを利用すれば対応できますが、
それなりの知識が必要です。
RHELの場合は、OS標準外を利用した場合は、その部分のサポートも
受けられなくなったはずなので、ご注意ください。

ご参考：
　Zabbix 3.0をリリースしました(寺島さんのブログ)：
　　 http://kodai74.blogspot.jp/2016/02/zabbix-30.html
　Zabbix 3.0でどう変わるか(OSC 2016 Tokyo/Springでの発表資料)：
　　 http://www.slideshare.net/atanaka7/zabbix30

3.0.2系以前はメモリリークがあり、
3.0.3だと最近フォーラムにありました以下の問題があると認識しています。
http://www.zabbix.jp/node/3601

上記問題により、今現在（3.0.0～3.0.3）のVerにおいて
推奨されるVerは無いということなのでしょうか？

私なら、先日のテンプレートが選択できない件であれば、ソースを
修正すれば対応できそうなことは確認できているので、メモリリー
クなどの不具合が残ったままで不安定になるよりも、より不具合が
修正されている3.0.3を選択します。

RHEL/CentOS 6上でZabbix 3.0のサーバーを構築することであれば、
私は推奨しません。

どうしてもRHEL/CentOS 6上でZabbix 3.0のZabbixサーバーを稼動
させたいのであれば、Zabbix LLCのリポジトリを利用して実現する
方法を以下のURLにある記事の最後に追記しておいたので、確認し
てみてください。

ご参考：
　Zabbix 3.0をCentOS 6上で動かす(インストール編)
　　 http://qiita.com/atanaka7/items/389f796b221cc0609379