3.2.3のの環境を作成して、ログ監視の障害をわざと複数回起こし
てみたら、

　監視データ -> トリガー

の画面で見ると、同じトリガーの障害は1つの行に表示されました。

そこでコメントを入力する際には、2つのパスがあると思います。

1つは、時間の時刻の部分をクリックする場合と、もう1つは、コメ
ントありの「いいえ」の文字をクリックする場合です。

前者であれば、時刻をクリックすると、一覧が表示されるので、
深刻度の左横のチェックボックスにチェックを入れれば、すべての
障害イベントがチェックされた状態になるので、そこで、左下にあ
る「障害対応コメントの一括入力」ボタンをクリックしてコメント
を入力すればよいはずです。

後者であれば、「選択した障害とトリガーに関連しているコメント
未入力の障害」を選択してコメントを入力すればよいはずです。

トリガーが複数あるのであれば、

　監視データ -> トリガー

の画面で、コメントを一括入力したいイベントの左側のチェックを
行って、「障害対応コメントの一括処理」ボタンをクリックしてみ
てください。

ということで、

1)障害コメント入力時は、
「選択した障害のみ」
「選択した障害とトリガーに関連しているコメント未入力の障害」の選択肢が有りますが、
手動クローズは一括では設定は出来ず、障害1件毎に登録する必要があるのでしょうか？

一括でコメント入力することはできます。
上で書いた手順を試してみてください。

2)障害コメントのメッセージ欄を空白の状態で手動クローズしようとすると、
"致命的なエラーが発生しました。Zabbixチームに報告してください。"
と表示されるのですが、現段階では仕様でしょうか？

私の環境でやってみると、

　イベントの障害対応コメントを入力できません
　　詳細
　　　フィールド"message": 空白は指定できませんの値が正しくありません。

というエラーメッセージが表示されます。
# 日本語がおかしいので、翻訳は見直しておきます。

致命的なエラーとなるのはおかしいので、例えばPHPでエラーが
出力されていないか確認してみてください。