mikoさん

１）に関しては、バージョンアップ時に実行するSQLパッチでデータ変換が出来れば、ユーザーが個別に設定を変更しなくて済むのですが、可能なのでしょうか。

検証しました。下記の２つのテーブルのcolorカラムです。
・sysmaps_link_triggers
・sysmaps_links

下記の様な感じで変換すれば良いかと。

1.どの色が使われているか確認
<code>
mysql> select * from sysmaps_links;
+--------+----------+-------------+-------------+----------+--------+
| linkid | sysmapid | selementid1 | selementid2 | drawtype | color |
+--------+----------+-------------+-------------+----------+--------+
| 1 | 2 | 1 | 2 | 0 | 緑 |
| 2 | 2 | 1 | 3 | 0 | 00FF00 |
| 3 | 2 | 1 | 4 | 0 | 00FF00 |
| 4 | 2 | 1 | 5 | 0 | 00FF00 |
+--------+----------+-------------+-------------+----------+--------+
4 rows in set (0.01 sec)

mysql> select * from sysmaps_link_triggers;
+---------------+--------+-----------+----------+--------+
| linktriggerid | linkid | triggerid | drawtype | color |
+---------------+--------+-----------+----------+--------+
| 12 | 3 | 12888 | 0 | FF0000 |
| 13 | 4 | 12860 | 0 | FF0000 |
| 15 | 2 | 12881 | 0 | FF0000 |
| 18 | 1 | 12874 | 0 | 赤 |
+---------------+--------+-----------+----------+--------+
4 rows in set (0.00 sec)
</code>

2.該当の色をカラーコードに変換
<code>
mysql> update sysmaps_links set color='00FF00' where color='緑';
Query OK, 1 row affected (0.01 sec)
Rows matched: 1 Changed: 1 Warnings: 0

mysql> update sysmaps_link_triggers set color='FF0000' where color='赤';
Query OK, 1 row affected (0.00 sec)
Rows matched: 1 Changed: 1 Warnings: 0
</code>

3.念の為、確認(笑)
<code>
mysql> select * from sysmaps_links;
+--------+----------+-------------+-------------+----------+--------+
| linkid | sysmapid | selementid1 | selementid2 | drawtype | color |
+--------+----------+-------------+-------------+----------+--------+
| 1 | 2 | 1 | 2 | 0 | 00FF00 |
| 2 | 2 | 1 | 3 | 0 | 00FF00 |
| 3 | 2 | 1 | 4 | 0 | 00FF00 |
| 4 | 2 | 1 | 5 | 0 | 00FF00 |
+--------+----------+-------------+-------------+----------+--------+
4 rows in set (0.00 sec)

mysql> select * from sysmaps_link_triggers;
+---------------+--------+-----------+----------+--------+
| linktriggerid | linkid | triggerid | drawtype | color |
+---------------+--------+-----------+----------+--------+
| 12 | 3 | 12888 | 0 | FF0000 |
| 13 | 4 | 12860 | 0 | FF0000 |
| 15 | 2 | 12881 | 0 | FF0000 |
| 18 | 1 | 12874 | 0 | FF0000 |
+---------------+--------+-----------+----------+--------+
4 rows in set (0.00 sec)
</code>

色とカラーパターンの対応は下記を参考に願いたく。
<code>
'FF0000' 'Red';
'960000' 'Dark Red';
'00FF00' 'Green';
'009600' 'Dark Green';
'0000FF' 'Blue';
'000096' 'Dark Blue';
'FFFF00' 'Yellow';
'969600' 'Dark Yellow';
'00FFFF' 'Cyan';
'000000' 'Black';
'969696' 'Gray';
'FFFFFF' 'White';
</code>

これは日本語化した為にpatch.sqlが291-314行目がうまく動かなくなり、発生した現象のようです。