KAZと申します。
zabbix_senderについて情報共有します。

zabbix1.1.6とzabbix1.4.xを平行RUNさせているのですが、snmptrapがzabbix1.1.6しか取得できませんでした。

設定を確認したところ、snmptrap.shの最終行がZABBIX1.4.xに対応していないようです。

snmptrap.shのデフォルトは↓になってますが…
$ZABBIX_SENDER $ZABBIX_SERVER $ZABBIX_PORT $HOST $KEY "$str"

ZABBIX1.4.xでは↓このように書く必要があるようです。
$ZABBIX_SENDER -z $ZABBIX_SERVER -p $ZABBIX_PORT -s $HOST -k $KEY -o "$str"

上記の設定でzabbix1.4.xにてsnmptrapで情報が取得できました。

以上