再度DBのリストアを行い、消えていたテーブルを作成した上で試してみましたが、やはり状況に変わりがありませんでした。
Session terminated, re-login, please.　の表示がされているため、セッション周りの問題かとは思うのですがこれという解決方法が見つかりません。
Versionの違うDBを戻してしまった、と原因を決めてしまったのですが、他にこのエラーが起こりうる要素などあるのでしょうか？

Zabbix-serverのzabbix-server.logから確認してみました。ログレベルは3のままですが、問題の状況から何か起こっているのであればこれで出力されるはず、と考えています。
通常時のエラーログ(アイテム取得できずなど)に加えて、DBへのSQLでスロークエリになった物が出力されているようです。
ただ、数として極端に多く出力されているわけではないため、問題の主原因では無さそうです。
PHPのログ、と言う事でしたのでhttpdのログを確認してみましたが、エラーログの方には特に問題を特定できそうな内容は出力されておりませんでした。
php.iniでデフォルト設定のため、問題があればhttpdのエラーログに出力される、と言う認識です。
気になるのは発生しているスロークエリですが、Session terminated,　となっている理由がつかめません。

戻したバックアップ自体は存在しているため、DBを一度Dropして完全に何も無い状態で初期設定から行ってどうなるか、を確認してみます。
ホストとアイテム関係だけでも復元できれば良いのですが
アドバイスありがとうございます。