使用されているZabbixの詳細なバージョンや、使用されているデー
タベースの種類とバージョンがわかりませんが、ディスク使用量が
減ることはないでしょう。

古いデータは削除されますが、新しいデータも追加されているので、
設定にもよりますが、デフォルトの設定であれば、恐らく1年分の
運用データがデータベース上に保存された状態になっています。

その1年間の間に、監視するアイテムが増加していれば、さらにそ
の後も1年分の情報を保持できるようにするために、追加したアイ
テムの分だけ全体のサイズは増加し続けます。

また、データベース用のファイルサイズは、使用するデータベース
にもよりますが、一度大きくなると小さくなりません。
例えば、監視するアイテムが大幅に減少した場合、データベース用
のファイル内の空き領域は増えますが、OSから見えるファイルサイ
ズ自体は変わりません。

MySQLの場合は、一度バックアップを取得して、新規に再作成しな
いとファイルサイズの縮小はできなかったと思います。
PostgreSQLの場合は、バキューム処理によって縮小できたかもしれ
ませんが、その処理中にはデータベースの負荷が上がりますので、
レスポンスが悪化してしまうでしょう。

作業される際には、バックアップを取得しておくなどご注意くださ
い。