データ欠損をした場合のグラフ生成について

データが何らかによって欠損した場合、データを復旧させる方法などあるのでしょうか?

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ありません。

別途何らかの方法で記録したものが残っているのであれば、特定の
時刻の値を、「ホスト名」「アイテムキー」「タイムスタンプ」
「値」を記述したファイルからzabbix_senderコマンドでZabbixサ
ーバーに登録することは可能です。