この平均は更新時刻あたりの平均の読み込み、書き込みバイト数
ということになるのでしょうか？

アイテムの設定の「差分/時間」は文字通り以下の計算結果を保存します。

(今回取得値 - 前回取得値 ) / (今回取得時刻 - 前回取得時刻)

平均というわけではなく、結果としてはIOPS、もしくはIOスループット/secが保存されようになります。