src/zabbix_server以下ならDBMS依存はなかったはずですが、他の
部分も修正されていた場合は、修正した箇所がdefineなどでの条件
分岐でMySQL利用時に有効なソースの部分が修正されている必要が
ありますのでご注意下さい。

また、その修正したソースをどのように配置してビルドされている
かによっては反映されない場合が考えられます。

少し詳細に書かせて頂くと、ZABBIX-JPのSRPMを元に利用されてい
るのであれば、ビルドする際に、デフォルトのtarボール(tar.gzフ
ァイル)を展開して、その展開したソースにパッチを適用してビル
ドを行うようになっていたと思います。

ビルドするたびに毎回デフォルトのtarボールを展開しますので、
例えば、/usr/src/redhatディレクトリ以下でビルドを行っている
場合、BUILDディレクトリ以下に展開されているソースを直しても
次のrpmbuildコマンド実行時に削除されますので、できあがった
RPMには反映されません。

独自の修正を反映させる方法としては、

　・標準のtarボールと修正したソースを固めたtar.gzファイルと
　　を入れ替える
　・修正内容をパッチファイルにして、SPECファイルでそのパッチ
　　ファイルを適用するように修正する

のどちらかの方法になると思います。

ただし、独自に修正されたものとZABBIX-JPで用意しているパッチ
ファイルとの競合が発生してしまう可能性が考えられますので、後
者の方法を選択されたほうが安全でしょう。

パッチファイルの作成方法としては、オリジナルのtarボールを展
開したディレクトリにSPEC内で指定されているパッチを適用し、そ
のディレクトリを修正前の基準となるディレクトリとします。
その修正前のディレクトリをコピーした作業用ディレクトリでソー
スを修正し、修正が終了したら修正前のディレクトリと修正後のデ
ィレクトリを指定して、以下のコマンドを利用します。
<code>
$ diff -urN 修正前ディレクトリ 修正後ディレクトリ > パッチファイル名
</code>

あとは、SPECファイルの内容を確認して同じように作成されたパッ
チファイルを追加してみて下さい。