すいません、前回回答したとき通常の監視とログ監視(アクティブチェック)、クラスタの実IPと共有IPの話がごっちゃになってました。

正確に訂正すると、クラスタ環境の場合は

(1) 通常の監視(アクティブチェックではないもの)

稼働系と待機系の双方で常に動作している監視項目 -> 実IP経由で監視
稼働系でしか動作しないもの -> 共有IP経由で監視

Zabbix 1.8までは1ホストに対して1IPしか設定できませんので、クラスタ構成の2台のサーバを監視する場合、上記の設定だと計3ホスト登録することになります。(例えば、hostAとhostBをクラスタ構成にする場合、ZabbixにはhostA, hostB, hostのような形)

Zabbix 2.0からは1ホストに複数IPアドレスを設定できるようになっています。

(2) ログ監視(アクティブチェック)

アクティブチェックの場合、zabbix_agentd.confのHostnameに記載した文字列と一致するホストのアクティブチェックアイテムを監視するようになります。

各サーバのHostnameに実ホストとして登録したhostA, hostBを設定した場合、最初に質問いただいた通り、待機系からログファイルが見えなければ、ログ監視アイテムは取得不可になります。

フェイルオーバーしてログファイルが見えるようになれば一定期間後にアイテムも有効になります。ただし、hostAとhostBでは「ログをどこまで読んだか」の情報が異なるため、巨大なログファイルだと最初から読み直してしまうことに注意してください。

各サーバのHostnameに仮想ホストとして登録したhostを設定した場合、各サーバはともにhostに登録されたアクティブチェックのアイテム設定を利用するのですが、おそらく待機系からはログファイルが見えないために定期的にアイテムが取得不可になってしまい、稼働系のログ監視にも影響が出てしまうと思います。

現実としては、稼働系からしか見えないログファイルの監視の場合、フェイルオーバーした場合にログの重複アラートが出る可能性はありますが、実ホストごとに監視する方が確実になると思います。