お世話になります。

その後調査を継続しております。

?エラーの再現方法
Zabbixをインストール後に、以下手順でノードIDを設定する。
・/etc/zabbix/zabbix_server.confにNodeID=1を設定。
・Zabbixサーバ停止後に、以下コマンドで、データベースのデータをノード構成用に変換する。
/usr/sbin/zabbix_server_mysql -c /etc/zabbix/zabbix_server.conf -n 1
・Webインターフェースでローカルノードの設定を行う。

例えば、
Zabbixを稼動させているサーバのIPアドレス：172.16.1.10で、
IPアドレス:172.16.1.20であるtest01という名前のホストを、
グループID:100100000000006のグループにに所属させ、
テンプレートid：100100000010047の監視テンプレートをリンクさせてホストの追加をする場合
（グループID:100100000000006のグループとテンプレートid：100100000010047の監視テンプレートは
作成済みとします）

ZabbixをインストールしているLinuxサーバにて、
以下のようにcurlコマンドでJSON-RPC形式でデータをPOSTします。
# curl -d '{"jsonrpc":"2.0","method":"host.create","params":{"host":"test01","ip":"172.16.1.20","port":10050,"useip":1,"groups":[{"groupid":100100000000006}],"templates":[{"templateid":100100000010047}]},"auth":"0aba21679b09e4347601fa237a56e7c0","id":1}' \
-H "Content-Type: application/json-rpc" http://172.16.1.10/zabbix/api_jsonrpc.php

以下結果が返ってきます。
{"jsonrpc":"2.0","error":{"code":-32500,"message":"Application error.","data":"[ CHost::create ] No permissions !"},"id":1}

エラーは親ノードと子ノードの親子構成にしない状態（データベースをノード構成用に変換した状態）だけでも発生しました。
また、Zabbixのバージョン1.8.8、1.8.9、1.8.10で検証しましたが、どのバージョンでも同様のエラーが発生しました。

上記のエラーメッセージから、
/usr/share/zabbix/api/classes/class.chost.phpの1090行目〜1094行目の部分
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
foreach($groupids as $gnum => $groupid){
if(!isset($upd_groups[$groupid])){
self::exception(ZBX_API_ERROR_PERMISSIONS, S_NO_PERMISSIONS);
}
}
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
で$upd_groups[$groupid]に値がセットされていないため、
self::exception(ZBX_API_ERROR_PERMISSIONS, S_NO_PERMISSIONS);
の処理が発生し、"data":"[ CHost::create ] No permissions !"のエラーが表示されたと思われます。

?template.createでも同様のエラーが発生
host.createと同様に、template.createでも似たようなエラーが発生しました。

例：tmplinuxという名前のテンプレートを作成する場合
# curl -d '{"auth":"0aba21679b09e4347601fa237a56e7c0","id":1,"method":"template.create","params":{"host":"tmplinux","groups":[{"groupid":100100000000001}]},"jsonrpc":"2.0"}' \
-H "Content-Type: application/json-rpc" http://172.16.1.10/zabbix/api_jsonrpc.php
以下結果が返ってきました。
{"jsonrpc":"2.0","error":{"code":-32500,"message":"Application error.","data":"[ CTemplate::create ] You do not have permission to perform this operation"},"id":1}

上記のエラーメッセージから
/usr/share/zabbix/api/classes/class.ctemplate.phpの966行目〜970行目の部分
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
foreach($groupids as $gnum => $groupid){
if(!isset($upd_groups[$groupid])){
self::exception(ZBX_API_ERROR_PERMISSIONS, S_NO_PERMISSION);
}
}
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
で$upd_groups[$groupid]に値がセットされていないため、
self::exception(ZBX_API_ERROR_PERMISSIONS, S_NO_PERMISSIONS);
の処理が発生し、[ CTemplate::create ] You do not have permission to perform this operation"の
エラーが表示されたと思われます。

?hostgroup.createはエラーなし
hostgroup.createでも同様のエラーが発生するかと思われましたが、こちらはエラーは発生しませんでした。

例：Test Groupという名前のホストグループを作成する場合
# curl -d '{"auth":"0aba21679b09e4347601fa237a56e7c0","id":1,"method":"hostgroup.create","params":[{"name":"Test Group"}],"jsonrpc":"2.0"}' \
-H "Content-Type: application/json-rpc" http://172.16.1.10/zabbix/api_jsonrpc.php
以下結果が返ってきました。
{"jsonrpc":"2.0","result":{"groupids":["100100000000007"]},"id":1}

現在までの調査結果を整理すると
・ノード構成用にデータベースを変換している場合にのみ、host.createとtemplate.createメソッドでエラーが発生する。
・host.get、host.update、host.deleteではエラーは発生しない。
・hostgroup.createではエラーは発生しない。

バグのようにも思われるのですが、回避策はございますでしょうか？