Zabbix 1.4を使用しています。

監視対象のサーバ(Linux)約20台にzabbix_agentdを導入し、
各サーバごとに5ファイル程度のログ監視を設定し、
60秒周期でチェックするようにしています。

このとき、60秒周期にチェックが行われるのは、
各サーバで1〜2ファイル程度で、
それ以外のファイルは、非定期にチェックが行われます。
#60秒周期にチェックが行われるファイルは、
#サーバによって異なり、時間帯によっても変化しているようです。

zabbix_agentd.logには、
"Timeout while answering request"
と出力されています。

各サーバで全ファイルを設定した周期通りにログ監視させるために、
何をすべきでしょうか。
(まず、何を(どこを)調べる必要がありますか)

本件に関係のありそうなzabbix_agentd.confの現在の設定値は、
以下の通りです。

StartAgents=5
RefreshActiveChecks=60
Timeout=3