ソースを見る限り、アイテムのタイプがZabbixエージェント(アク
ティブ)でも、一度取得不可になったアイテムを、取得不可を受信
したときから「取得不可アイテムの更新間隔(秒)」経過したものも
アクティブチェックで監視するアイテムとしてエージェントに渡す
ようになっているように見受けられます。

具体的な場所は、以下の場所です。
　src/zabbix_server/trapper/active.c
　　関数send_list_of_active_checks()内

ですので、取得すべきアイテムとしてZabbixサーバからZabbixエー
ジェントに送ったにも関わらず、Zabbixエージェント側でイベント
ログを取得できない状態が続いていたのではないでしょうか？
Zabbixエージェント側のログに何か出力されていませんか？

もしくは、Zabbixエージェントが自動起動されていますか？
そのエージェントから他のアイテムの値は取得できていますか？