必ずしも軽いとは言い切れません。
負荷がかかるかどうかは、何をどの程度の間隔で監視するか次第に
なると思います。

強いて言えば、Zabbixでエージェントが内蔵している値の取得機能
だけを利用するのであれば、Zabbixが優勢になる場合があるかもし
れません。

NRPEを利用する場合は、各種プラグインを利用して値を取得するこ
とになったと思います。
そうすると、値を取得するたびにプラグインを実行する子プロセス
が起動されるので、プロセス起動のオーバーヘッドが多少あるかも
しれません。
ZabbixでもUserParameterなどを利用してスクリプトや外部プログ
ラムを呼び出さなければ値が取得できないような場合は、同様の影
響を受けるでしょう。

もし、Zabbixに変更して改善されたのであれば、Zabbixエージェン
トが標準で持っている値取得機能で多くの監視に対応することがで
きたからなのではないでしょうか。