普段からjabberのクライアントを利用されているのであれば、それ
らと同様にメッセージを受信して、利用するクライアントによって
はポップアップ表示させることもできます。

とはいえ、メールでの通知を利用していても、クライアントによっ
ては、受信通知をポップアップ表示させることができるものもある
ので、結局私が利用している環境では、その他の用途でのjabber自
体の利用頻度も低く、jabber用のサーバの運用管理の手間も面倒だ
ったので、jabberでの通知は利用しなくなりました。

利用されている環境や体制によっても求めるものは異なると思いま
すので、試してみて、ご自身の要望に合っているか確認されてみて
はいかがでしょうか。