メンテナンス期間の設定の単位は、ご認識されている通り、ホスト
もしくはホストグループ単位になるようです。

アクションに関しては、トリガー名などでの条件を付加できますの
で、メンテナンス期間内でも障害通知を行いたいトリガーとそうで
はないトリガーで、別のアクションを設定してみてはいかがでしょ
うか？

トリガー名に、メンテナンス期間内でも検知したいトリガーに関し
ては、特定の文字列を入れるようにして、アクションの実行条件に
「トリガー名 含まれる XXX」(逆の条件は「トリガー名 含まれな
い XXX」)などとすれば、トリガーを分類することができると思い
ます。
そして、メンテナンス期間でもアクションを実行するアクションの
設定では、アクションの実行条件から「メンテナンスの状態 期間外
メンテナンス」の条件を削除してください。