ServerActiveに設定されているカンマ区切りのIPアドレスすべてに
対してログ監視などのタイプが「Zabbixエージェント(アクティブ)」
のアイテムの情報を送信し続けます。

zabbix_agentd.confに設定するServerの方は、「Zabbixエージェン
ト」のタイプのアイテムの値取得時に、正しいZabbixサーバからの
値取得要求であるかのチェックに利用されます。

それに対して、1.8.12以降でzabbix_agentd.confに設定できるよう
になったServerActiveは、そこに設定されたカンマ区切りのIPアド
レスすべてに対して、アクティブチェックのアイテムの値を送り続
けるようになっています。

Zabbixサーバをどのようにしてクラスタリングしているかにもより
ますが、アクティブとスタンバイでVIPを持ち、そのVIPでZabbixエ
ージェントからのアクティブ通知を受けられるように構成されてい
るのであれば、監視対象側のServerActiveの値は、そのVIPを指定
することで、クラスタリングされたZabbixサーバの物理的なアクテ
ィブもしくはスタンバイのどちらかのzabbix_serverプロセスが稼
働しているサーバのみに送られるようにすることができたと思いま
す。

クラスタリングの構成方法、特に仮想的なVIPを持つような構成で、
そのVIPを利用してzabbix_serverプロセスを稼働させるような構成
になっているかを確認してみてください。

構成によっては、Serverの値もVIPを指定しないと機能しないかも
しれません。
実際にZabbixサーバ側からZabbixエージェントにアクセスする際、
監視対象側でのTCP/IPでのソース側IPアドレスが、VIPなのか、ク
ラスタリングされた各サーバのIPなのか確認してみると良いでしょ
う。

最悪の場合、Zabbixエージェントから値を取得できなかったら、
Zabbixエージェント側のログレベルを挙げてみると、TCP/IPで接続
できるような状態であれば、なぜ取得できないかという原因を特定
できるログが出力されるはずです。