NTPをslewモードで運用していれば、段階的に時刻のずれを補正す
るので、時刻の戻りが発生することを防ぐことができます。

stepモードでしか運用できないのであれば、うるう秒の際に、取得
したアイテムのタイムスタンプが、実際に取得したタイミングとは
前後して記録される可能性があります。
その問題が発生した場合、データベース上に記録されたアイテムの
値をタイムスタンプでソートすると、実際に取得したタイミングと
は順序が入れ替わってしまいます。

Zabbix自体は特に壊れることはありませんが、アイテムの値を取得
した順序が厳密である場合には注意が必要です。

あと、古いバージョンのOSやライブラリを使用されている場合は、
以前のうるう秒時にあった問題が発生して、Zabbixではなく、他の
アプリケーションやデータベースでCPUの使用率が上昇してしまう
などの障害が発生してしまう可能性があります。

ntpdのバージョンによっては、slewモードが正常に機能しない場合
もあるようです。

ですので、

　・各種OSやツール、ライブラリなどを更新しておく
　・NTPをslewモードにする

といった対処をしておくとよいのではないでしょうか。

環境によっては、うるう秒発生の前後にntpdを止めておくという方
法も良いかも知れません。

以前、情報を整理されていた方がいらっしゃるので、そちらの記事
も参考にしてください。

　【うるう秒】あなたのサーバは大丈夫？
　　 http://www.rack.sh/linux-leap-second/
　【RHEL】這いよる閏秒 7月1日9:00(JST)の挙動（3年ぶりだな）
　　 http://pocketstudio.jp/log3/2012/06/23/leaptime_2012/
　閏秒を迎えるにあたってLinuxでは何をすべきか？
　　 https://hiroki.jp/leap-second-2015