まず、ZABBIX-JPが提供しているRPMを利用されて、自動的にZabbixエージェントを起動して利用されることを想定されているのであれば、設定は、「/etc/zabbix/zabbix_agent.conf」ではなく「/etc/zabbix/zabbix_agentd.conf」に行ってください。
以下、「/etc/zabbix/zabbix_agentd.conf」に設定を行うと仮定して説明させて頂きます。

zabbix_agent.confに以下の設定をする理由、リスクなどお伺いできないでしょうか。

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Hostname=監視対象サーバ
Listen=エージェントがListenするIP
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zabbix_agentd.confに指定する「Hostname」は、そのZabbixエージェントを起動するサーバのホスト名を指定します。
そして、ここで指定するホスト名は、ZabbixのWebフロントエンドで監視対象として登録するホストの「名前」と大文字小文字も含めて同じ文字列を指定する必要があります。
ホスト名が合致していないとZabbixエージェントを利用して監視することができません。

そして、Zabbix 1.8.xであれば「Listen」という項目はなかったと思います。説明を拝見する限り「ListenIP」のことだと思われます。
これを指定しないと、そのZabbixエージェントを起動するサーバの全てのネットワークインターフェイスで接続を受け付けるようになります。

特定のネットワークインターフェイスだけで接続を受け付けるようにしたい場合は、明示的にIPアドレスを指定しておきます。
例えば、複数のネットワークインターフェイスを持つサーバで、管理用のネットワークからのみ監視するのであれば、管理用ネットワークのIPアドレスを指定したりします。

また、zabbix_agent.confに監視対象ホストの設定は行わなくても設定できるのでしょうか。
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Server=zabbixサーバIP
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この設定は必要です。

Zabbixエージェントは、ここで指定されたIPアドレスからのみ、アイテムのタイプが「Zabbixエージェント」となっているアイテムの値の取得要求を受け付けて値を返却します。
他のIPアドレスからですとZabbixエージェントから値を取得できませんので、「Server」には、ZabbixサーバのIPアドレスを必ず指定してください。

また、アイテムのタイプが「Zabbixエージェント(アクティブ)」であるアクティブチェックを利用する時にもこの「Server」で指定したIPアドレスが利用されます。
アクティブという名前がついているように、アイテムのタイプが「Zabbixエージェント」であるアイテムはZabbixサーバからの要求に応答して値を返却しますが、アイテムのタイプが「Zabbixエージェント(アクティブ)」であるアイテムはZabbixエージェントから能動的にZabbixサーバへの値の通知を行います。