正確な数はわかりません。

NTTコムテクノロジー様やミラクル・リナックス様などで提供されている商用サービスを利用されている数は、それぞれの会社に問い合わせればある程度の実績数を知ることができるかもしれません。
しかし、Zabbix自体はオープンソースですので、そういった商用サービスを利用しなくても、自分で導入して利用することができますので、そういった利用者の数も考慮するとより大きな数になると思います。

ちなみに、Zabbixの最新の安定版1.8.4のソースのダウンロード回数は、15万回を超えているようです。
そのうち日本国内がどれだけあるかまではわかりませんが、日本語の書籍である『Zabbix統合監視「実践」入門』の増刷が決定したとの情報もありましたので、導入検討中の利用者も含めれば数千以上の利用者がいるのではないでしょうか。

私が所属している会社の社内でも利用していますし、最近は取引先から導入に関する問い合わせも増えているので、利用している会社も増加傾向にあると実感しています。

ご参考：
　NTTコムテクノロジー様の導入事例
　　http://www.zabicom.com/example/
　ミラクル・リナックス様の導入事例
　　http://www.miraclelinux.com/products/case/zabbix.html