zabbix_server.confのDebugLevelを4に設定してzabbix-serverを再
起動すれば、Zabbixサーバプロセスが処理している詳細を出力する
ことができるようになります。

ただし、大量のログが出力されますのでご注意ください。

あと、記載されていたログですが、MySQLへの負荷が高い時などに
も発生していたことがあったかと思います。
ログが出力された前後のサーバの負荷状況もご確認ください。

扱っているデータ量が多いと、1時間に1回実行するハウスキーピン
グの処理で、サーバの処理性能が不足してデータベースアクセスの
タイムアウトが発生してしまうような場合も考えられます。