仕様上、同じホストに同じキーのアイテムは登録できません。
複数のテンプレートにリンクする場合でも同じキーのものがあるとうまくいかないはずです。

mellkiss さんの書かれた目的であれば、コマンドは同じでキーだけを変えたユーザーパラメーターを二つ登録するのがいいと思います。例えば apache.TotalAccesses と apache.TotalAccesses.persec みたいに。

注意点としては、二つのアイテムは独立して動きますので、値の取得タイミングは必ずしも一致しないということです。
＃まだ試していませんが、3.4 のバルクメトリクスというのを使えばこの辺が解消できるんですかね。

一つ気になったんですが、計算アイテムと保存時の計算がごっちゃになっていませんか？
書かれている内容だと、計算アイテムではなく、「保存時の計算だけを変えたアイテムを登録したい」というふうに読めたのですが。
もし「last() を使って差分を計算する」という計算アイテムを作りたいというなら、ユーザーパラメーターは一つでよく、計算アイテムのキーをユーザーパラメーターのものと別の名前にすればいいだけの話です。

余談ですが、シンプルチェックやエージェントを使ったものなどでキーの名前が決まっている場合に、同じ監視内容で二つ以上のアイテムを登録する裏技的方法があります（おすすめはしませんし、たぶん mellkiss さんのやりたいこととは違うと思いますが）。
要はキーの文字列が全く同じでなければいいので、例えば icmpping と icmpping[] は同じ監視内容になりますが、キーの文字列としては違うので、同じホストに両方登録できたりします。 icmpping[,] のように、無駄に , を入れたりもできます。