始めましてKAZと申します。

> 手間をかけて５０あまりのホストやそれのマップ、スクリーン等を作成したのですが、
> その辺の設定はどのファイルに入っているのでしょうか。
>バックアップや復元の方法などあれば教えてください。
DBに何を使用されているかで変わってきます。
MySQLだったら下記のコマンドでバックアップ／リストアできます。

1.データのエクスポート
　mysqldump -u root -p{rootパスワード} -x -F {database名} > db.dmp

2.データのインポート
　mysql -u root -p{rootパスワード} {database名} < db.dmp

ホスト情報はzabbix1.4からxmlでexport/importできます。