こんにちは。

改行がどうこうというより、正規表現が間違っていると思います。
\s は空白文字一文字ですが、「～バックアップされていません。\s\n\sディレクトリ～」では、改行の前後に空白がそれぞれ一文字入る必要があります。

つまり、これでどうでしょうか。
「^このディレクトリ パーティションは少なくとも次の日数の間、バックアップされていません。\n\nディレクトリ パーティション:\nDC=XXXXXXXXXX,DC=XXXXXX,DC=XX」

試しに条件式を a\nb にして、テスト文字列を
a
b
にしてみると、真になりました。（Zabbix 2.2.9）

＃柔軟性を持たせるために「0 個以上の空白」を追加するのであれば、\s ではなく \s* とすればいいと思います。

> なんかそんな話あったような…
ひょっとして、私が質問したこれですかね？これはトリガーの regexp なので少し違うかもしれませんが。
http://www.zabbix.jp/node/2395
あとはこっちか（これも微妙に違うかも）。
http://www.zabbix.jp/node/2587

以下、余談。

改行コードということを考えると、\n が CRLF にマッチするんですかね？そうでないと a\nb のテスト結果が真になる理由が説明できない気がする・・・。ちなみに、条件式を a\r\nb とするとテスト結果は偽になりました。
Web UI で登録したテスト文字列の改行部分は CRLF となっていたようですが（length(test_string) が 4 だった）、データベースを直接いじって改行部分を LF だけにしてみる（length(test_string) は 3 になった）と、やはりテスト結果は真でした（条件式は a\nb ）。ということは、\n は CRLF でも LF でもマッチする？？？
さらに試しに、条件式を a\x0Ab としても、テスト文字列の改行が LF 、CRLF どちらの場合も真になりました。逆に a\x0A\x0Db とするとどちらも偽になりました。ひょっとして、パターンマッチの直前で改行を LF にしている？

まとめるとこんな感じ
↓テスト文字列の改行＼条件式→　a\nb　　a\r\nb　　a\x0Ab　　a\x0A\x0Db
LF　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　真　　　　偽　　　　　真　　　　　　偽
CRLF　　　　　　　　　　　　　　　　　　　真　　　　偽　　　　　真　　　　　　偽

・・・この手の話は考えだすと混乱してきますね。試しにやってみて、できたらそれで OK と割り切ってしまうのがいいのかもしれません。