このUserParameter から実行されている実際のシェル的な処理

mysql -e "SHOW MASTER STATUS\G" | grep "Slave_IO_Running" | awk '{print $2}'

に要する時間が30secを超えるならば、今のままのアイテム構成ではTimeout を回避することはできません

UserParameterからの呼び出しでは
「確認処理の呼び出しに成功した」
or
「確認処理の呼び出しに失敗した」
のいずれかを意味する値を 0 or 1 で返すようなアイテムとするような形にする意味合いで

UserParameter=mysql.master.status[*]=/opt/zabbix/mysql_check.sh $1

などのように設定する

アイテム「mysql.master.status[XXX]」については、
タイプは「Zabbixエージェント」のままで、戻り値（アイテムのデータ形式）を「数値 (整数) / 10進数」として
成功・失敗を受けるだけのアイテムとする
必要ならば、呼出失敗を示す値が戻ってきた場合のトリガーを作る

スクリプト内部では、本来やりたかった処理を、シェルの「＆」を利用したバックグラウンド実行として
サブシェル化などして実行・呼び出しだけしておいて、「呼出成功」「呼出失敗」を、即時返す

サブシェル側では、本来実行したかった実際の mysql コマンドを実行して、結果値を
「mysql.master.status.trapper[XXX]」キーのアイテム値として、
zabbix_sender で投げる

別途、「mysql.master.status.trapper[XXX]」というキーの
「Zabbixトラッパー」型のアイテムを作成
こちらは、コマンドで得られる実際の値にあわせて「文字列」型のアイテムとする

異常を示す文字列が得られた場合に備えたトリガー等は
「mysql.master.status.trapper[XXX]」側のアイテムに対して条件づけして作成

こんな流れにする方法が検討できるかもしれません

※）
下スクリプトはイメージを掴んでもらいやすくするために書いてみました
実際動作するか、などのテストはしていませんので、そのままでは動かないかもしれません（汗）
特に、環境変数や、コマンドへの「PATH」が通っていないなど‥


# -- mysql_check.sh

#!/bin/sh

if [ ! -x /opt/zabbix/mysql_check_core.sh ]; then
echo 1
exit 0
fi
nohup /opt/zabbix/mysql_check_core.sh "$1" /dev/null 2>&1 &

echo 0
exit 0

# end of file


# -- mysql_check_core.sh

#!/bin/sh
HOME=/var/lib/zabbix
RETSTR=`mysql -e "SHOW MASTER STATUS\G" | grep "${1}" | awk '{print $2}'`

zabbix_sender -c /etc/zabbix/zabbix_agentd.conf -k "mysql.master.status.trapper[${1}]" -o "${RESULT}"

# end of file