MySQLのバックアップコマンドというのがテーブルを指定しない mysqldump を指すのなら、答えは「全部」です。取得したデータ（ヒストリ、トレンド）や、イベントなども含めて全部。
＃具体的な回答がほしいなら、質問も具体的に書いた方がいいですよ。
＃今の場合なら、想定しているコマンドを引数も含めて書く、ということになります。

設定だけをバックアップというのは、簡単にはできないと思った方がいいです。
せいぜいエクスポートを駆使してがんばるとか、設定した内容をメモしておくとか、そのくらいです。

一応、2.0 のときはここに書かれているテーブルの内容を取っておけば設定のバックアップになっていたようですが、3.0 だとテーブル構成も変わっていますし、たぶん違うのでしょう。どのテーブルが必要かは自分でソースを読むなり試行錯誤するなりして解析する必要があり、なんにしても全て自己責任となります。
http://www.zabbix.jp/node/1704

ちなみに、お金を払ってサポート契約を結べば、「Zabbix設定バックアップツール」というものが使えるようになるみたいです。
https://www.zabbix.com/jp/support