2台のサーバでホットスタンバイ形式でのクラスタリングであると
仮定させて頂きます。

スタンバイ側の状態も監視するのであれば、Yamate2さんご自身で
も書かれている通り、各ノードの監視と共有IPでの監視と3つのホ
ストをZabbixから監視すれば良いと思います。
そして、共有IP用のZabbixエージェントに関しては、クラスタウェ
アの管理下で稼動させることが必要です。

つまり、各物理サーバ上にそれぞれのノード用のZabbixエージェン
トと共有IPを利用したZabbixエージェントとで3つのZabbixエージ
ェントを稼動させて監視する形になります。

利用するクラスタウェアによっては、ポート番号の競合が発生する
かもしれませんので、その場合は、共有IP用の監視は別のポート番
号を利用するなどの対応を行えばよいでしょう。

サービスが提供されているかだけを監視すれば良いのであれば、ク
ラスタウェアで管理された共有IPでのZabbixエージェントのみを監
視するという考え方もあるとは思いますが、万が一、スタンバイ側
が起動していなかったとかで障害発生時の切り替えができなかった
ということを防ぐためにも、各ノードも別途監視したほうが良いで
しょう。